Este programa marca su acento en la formación teológica regular lo que se da a través de la modalidad semestral y anual. Ingresan a este programa para cursar estudios que contemplan mínimo dos semestres, llegando a cursar los estudios de Licenciatura en Teología.
En este programa se ha establecido una malla curricular que contempla materias, créditos, horas aulas presenciales y de estudio personal, así como la metodología de evaluación de cada materia y del curso en general.
Dentro del programa de Licenciatura, se establecen salidas intermedias. El Diplomado en Estudios Bíblicos, el Diplomado en Estudios Teológicos y el Bachillerato en Teología.
Los Diplomados mencionados, el Bachillerato y la Licenciatura en Teología que ofrece la CTE (en total 8 semestres) no tienen certificación universitaria.
La Licenciatura en Estudios Teológicos, Bíblicos y Diálogo Ecuménico es certificada por la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso vía convenio específico de reconocimiento de grados. Contempla en conjunto 10 semestres.